Una pretemporada muy sólida y el convencimiento de que contaría con una Honda con especificaciones `oficiales´ no permitían presagiar los sinsabores que acabaría viviendo Toni Elías en la campaña 2009. El piloto catalán volvía al equipo San Carlo Honda Gresini en 2009, tras haber pasado una temporada poco gratificante con Ducati.

Durante la primera mitad del año los resultados no acabaron de llegar, en una situación similar a la de su compañero de equipo Alex de Angelis. Disponiendo de una moto con especificaciones de fábrica, Elías no pudo acercarse a las posiciones de cabeza en las siete primeras carreras, con dos novenos puestos como mejor resultado.

Tras la quinta posición en la parrilla de Catalunya dio la impresión de que el piloto catalán había encontrado el camino que le podía llevar a mejorar sus resultados, pero una caída le impidió acabar la carrera de casa.

Un repunte en su suerte llegó con dos buenas carreras en Laguna Seca (donde acabó sexto) y Sachsenring (donde remontó desde la 17º en la parrilla hasta la sexta posición final). Después de otra caída en Donington, Elías consiguió el mejor resultado de la temporada en la República Checa.

Su único podio del año, un tercer lugar en Brno por detrás de Valentino Rossi y de Dani Pedrosa, fue seguido por una serie de resultados más acordes con su conocido potencial hasta final de temporada. Elías consiguió acabar en sexto lugar en San Marino, Estoril y en la última carrera del año en Valencia.

El piloto de Manresa alcanzó su mejor forma demasiado tarde como para seguir el próximo año con Gresini en la categoría reina, pese a terminar séptimo en la clasificación general, y aunque su futuro aún sigue sin decidirse, probó una Gresini Moriwaki Moto2 en Valencia a final de temporada.