El GP de Japón comenzó con una tumultuosa salida, de la cual Fernando pudo salir indemne, saliendo segundo de la primera curva detrás de Kubica. A partir de allí, se dedicó a mantener una distancia prudencial con el polaco, porque adelantarle era difícil y si estaba muy cerca, perdía mucha eficiencia en sus ruedas. El BMW se detuvo una vuelta antes que el Renault, y Alonso, al salir de boxes, estaba delante de su rival.

La segunda parte de carrera fue espectacular, marcando tiempos que dejaron a Kubica muy retrasado, y a Fernando con Margen suficiente como para afrontar la segunda detención con la tranquilidad necesaria. Así fue, y todo se mantuvo casi igual al volver a pista, una vez que pasaron por boxes ambos vehículos y también Raikkonen, que estaba detrás del BMW. La tarea más difícil estaba hecha.

De allí hasta el final le tocó regular la marcha y controlar a distancia a Kubica. Así, lograba una victoria memorable que lo consolida en la séptima plaza del campeonato con 48 puntos, a solo tres de Kovalainen y a ocho de Heidfeld. Al terminar la carrera, Fernando decía lo siguiente:

“En Singapur había sido una victoria con mucha suerte, pero la de aquí fue una carrera más normal, y por lo tanto me deja un mejor sabor de boca, y además, en un circuito más normal, porque la victoria de Singapur fue en un circuito urbano, y puede que haya sido que el coche se haya adaptado bien allí, pero este de Fuji es un circuito convencional y ganar aquí significa mucho más”

“Mi segundo relevo a sido muy bueno, aunque en la primera parte también iba rápido, pero intenté acercarme a Robert en las primeras vueltas y prácticamente destrocé los neumáticos, por al ir tan cerca de él. Entonces preferí quedarme más o menos dos segundos detrás, porque sabía que él iba a parar primero, y que iba a tener mi primera oportunidad, y luego cuando en la primera parada conseguí adelantarle con la pista libre podía a partir de allí coger mi ritmo y distanciarme poco a poco, ya que mientras Raikkonen no le pasase a él, podía estar tranquilo”

“En la salida el coche salió bien, y cuando llegamos a la primera curva todos fueron muy agresivos. Varios llegaron apurando demasiado la frenada, y justo cuando iba a dar la curva, he visto a Kubica que llegaba con las ruedas bloqueadas a mi derecha, y tuve que maniobrar para evitarle y me adelantó. Pero si tenía que jugarme la carrera con él estaba tranquilo”

“La verdad es que si hubiésemos empezado el campeonato en Hungría estaría todo mucho mejor, pero empezó en Australia y allí no estábamos como deberíamos estar. Ahora hay que disfrutar estos buenos momentos que nos está dando este final de temporada y seguir disfrutando. Estas dos victorias son quizás más de lo que pensábamos”.